Después de una época en la que permanece despoblada, aparecen vestigios de las culturas fenicia, púnica y romana, de esta última época quedan los restos del "castellum de Can Blai", en la carretera de La Mola. Durante la ocupación árabe debía de haber una población estable en Formentera, pues quedan restos de viviendas, pozos y algibes de dicha época.
La ocupación árabe de las islas termina en el año 1235, fecha de la Conquista Catalana de Ibiza y Formentera por parte de Jaime I. De esta época es la Capilla románica de "Sa Tanca Vella", en Sant Francesc Xavier, construida en el año 1336. Durante la Edad Media y el Renacimiento Formentera continúa sólo poblada ocasionalmente por habitantes de la isla de Ibiza.
Así pues, es a partir de 1695 cuando empieza la historia moderna de la isla. Este año la Corona hace donación a Marc Ferrer, en pago por los servicios prestados, de la isla de Formentera. Así se inicia la última y definitiva repoblación de la isla. Algunos años después, en 1726, se erige la primera iglesia de Formentera, dedicada a San Francisco Javier, construida como una fortaleza en la que poder refugiarse de los ataques de los piratas. De esta misma época son las Torres de defensa de la isla del Espalmador, de Punta Prima, de Es Pi des Català, de Es Cap de Barbaria y de la Punta de La Gavina. Ya en el siglo XIX se construyen las iglesias de El Pilar, en La Mola y la de San Fernando. Con el paso del tiempo se empiezan a crear unos pequeños núcleos de población en torno a las iglesias aunque la mayoría de la población continúa dispersa en pequeñas casas de campo.
